Miércoles

¿Tiene tiempo libre en su computador? Puede ocuparlo para la búsqueda de curas de grandes enfermedades

docking at home

¿No está usando todo su tiempo computacional en este momento? Puede donarlo para los mayores avances en biomedicina que buscan la cura para el VIH, Parkinson, artritis y cáncer de mamas.

En la Universidad de Delaware, se encuentra el proyecto “Docking@home”, dirigido por Michela Taufer, profesora asistente de ciencias informáticas y computacionales y patrocinado por la Fundación Nacional de Ciencias; con más de 6.000 voluntarios en todo el mundo que están donando su tiempo computacional para realizar cálculos científicos que ayudarán a crear nuevas y mejoradas medicinas para desbaratar estas grandes enfermedades.

Antes que se produzcan nuevas medicinas y se prueben en laboratorios, los investigadores deben crear modelos moleculares y simulan sus interacciones para revelar los posibles candidatos de drogas efectivas. Esta simulación es llamado “docking” (acoplamiento), explica Taufer.

En vista que las combinaciones de moléculas y sus orientaciones de ligamientos son infinitas, el simular todas las combinaciones posibles requieren de un gran poder computacional, según nos dice Taufer y las supercomputadoras tienen frecuentemente largas listas de espera, o son muy caras para ser usadas por largos periodos.

El proteasa VIH-1 corta el virus de la Immunodeficiencia humana como una tijera. Si los científicos pueden deshabilitar este effecto, el virus puede que no se reproduzca, dice Taufer.

La profesora de la Universidad de Delaware Michela Taufer lidera el proyecto "Docking@Home"

La profesora de la Universidad de Delaware Michela Taufer lidera el proyecto "Docking@Home"

“Basicamente, la proteina tiene un mal comportamiento, y queremos saber que pequeña molécula puede corregir este comportamiento”, según Taufer.

Una vez que la molécula llamada ligadora se deja en la proteina, realizando efectivamente un “acoplamiento” puede prender y apagar la proteina (on-off) y el computador puede simular esta interacción.

Ahora mismo, dice Taufer, la investigación está en proceso de validación, el proceso ayuda a estudiar nuevas drogas.

“Estamos transformando un proceso de la naturaleza en un algoritmo computacional”. Explica ella.

El hacer voluntariado de tiempo computacional para hacer cálculos científicos sólo toma unos simples pasos en la página:  (http://docking.cis.udel.edu/). Instalando gratuitamente el programa BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing).

Actualmente, los 6.000 voluntarios en todo el mundo están contribuyendo en la finalización de 30.000 acoplamientos diarios.

Kevin Kreiser un estudiante del tercer año del grupo de Taufer, está desarrollando el software ExSciTecH (an immersive volunteer computing system to Explore Science, Technology, and Health), el cual permitirá a los voluntarios “lanzar” una molécula directo a una proteina usando un Nintendo Wii.

“Otras personas hacen yoga con una Wii,” dice Taufer, sonriendo. “Nosotros hacemos ciencia.”

Link Original: Newswise